【レイヤーって何よ？】
ここではレイヤーを使います。レイヤーは、デジタル画がでてこないのはかなり稀です。お絵かきチャットくらい…。
レイヤーというのは、ガラス板とでも考えてくださればいいです。それに絵が重なって上から見るかんじ。
ここの「★レイヤーとは」が画像付きで判りやすく解説しているので読んできてください。
使用ソフトが違いますが、レイヤーの概念はだいたい共通しています。

アイコンが判りやすいので特に説明は不要かと。

上のレイヤーと下のレイヤーが同じ名前だと紛らわしいので、とりあえず名前つけときましょう。

上レイヤーが選択されていることを確認して、ダブルクリック。

レイヤー設定窓が出て来るので、名前を変更。
こちらは線画になるので、「線」とでもしときましょう。

線の上で右クリックしてスポイトした後、マスク登録をしてONにします。

マスクして線が消えなくなったので、線レイヤーの他部分を全て消します。
上メニューから「選択範囲→すべて選択」の後、「選択範囲→消去」

↓

キャンバスの見た目は変わりませんが、図のように、線レイヤ部分の色が消えます。

念のため、透明色保護にチェックをいれておきましょう。何かあっても、線画さえ生きていればどうにかなります。
本当に線画だけになっているかチェックするには、「レイヤ0」を非表示にすれば、キャンバスも変わります。

確認した後は再び表示設定にして戻しておいてください。

レイヤ複製、名前の変更などは割愛。
透明色保護は、2度クリックしないと保護が消えないので気をつけてください。